Arrivé début 2017, le joueur désormais âgé de 33 ans compte 199 matchs de Ligue 2 avec Nancy et Clermont, mais aussi 15 rencontres dans l'élite. Son contrat prenait fin en juin 2022 en Auvergne et il a été laissé libre par le club.
Jonathan Iglesias est à l'heure actuelle le quatrième joueur le plus capé de l'histoire du Clermont Foot avec 172 matchs, derrière Eugène Ekobo (255), Cédric Bockhorni (192) et Rémy Dugimont (179).